参考文献在论文查重中一般不计入查重率。因为参考文献是用来证明论文观点和提供支持性证据的，不应该被算入抄袭范围。但是，有些查重系统会将参考文献误判为抄袭，因此在提交论文前，最好将参考文献排除在查重范围之外。通常可以在查重系统设置中选择排除参考文献，以确保查重结果的准确性。

在处理查重中的参考文献时，建议在论文中正确引用并标注参考文献信息，包括作者、出版年份、文献标题等。同时，可以在论文末尾列出参考文献清单，按照规范格式排版。这样不仅可以避免被误判为抄袭，还能展示出作者的学术诚信和研究深度。在写作过程中，务必注意参考文献的使用规范，避免出现不当引用或剽窃现象。