论文查重系统保护用户隐私的关键在于严格的数据加密和权限管理。系统会对用户上传的论文进行加密处理，确保文本内容不被泄露。同时，系统会严格限制用户访问权限，只有授权人员才能查看具体的查重结果，有效保护用户隐私。此外，系统会定期更新安全防护措施，及时修复漏洞，确保用户数据不受到攻击。

另外，论文查重系统也会采用匿名化处理用户数据的方式，将用户的个人信息进行脱敏处理，只保留必要的数据进行查重分析，避免用户隐私信息的泄露。同时，系统会建立完善的监控机制，对用户数据的使用进行严格监管，防止内部人员滥用数据。用户也可以通过系统设置自定义隐私选项，灵活控制自己的数据分享范围，保护个人隐私安全。